Le musée s'est à l'origine établi au sein de la zaouïa de Sidi Zitouni. Ce mausolée qui remonte au XIIe siècle est considérablement agrandi au XVIIIe siècle par la volonté du caïd-gouverneur de Djerba Hmida Ben Ayed, afin d'honorer les sages Sidi Zitouni ou Abou-Baker Ezzitouni (théologien sunnite propagateur du rite malikite) et Sidi Ameur.
La salle funéraire remonte à cette époque tandis que l'autre salle, appelée kobbet el khyel (« coupole du fantôme » en raison d'une légende populaire), serait la plus ancienne du mausolée.
Le musée des arts et des traditions populaires de Djerba est inauguré dans les années 1970 et occupe l'espace du mausolée. À la suite de l'agrandissement et de la réhabilitation du musée décidés dans les années 2000, le nouveau musée est inauguré sous son nom actuel le 17 décembre 2008 et le mausolée n'est désormais qu'une partie d'un plus vaste ensemble.
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Costumes traditionnels juifs de mariage.